楼主这种情况属于主从盘没有分清楚:
1.如果你要使用两个硬盘,那么新加载的硬盘必须是从盘,否则如果新加载的硬盘以前装过系统,即有活动的主分区,那么系统启动时不知道是进入那个系统。解决方法:对硬盘主从进行跳线设置。设置很简单,把硬盘拆出来,上面有示意图。一般像希捷的,把金属片套在第二列代表设置该硬盘为主盘,拔去则为从盘。设置好后,开机按del进入bios进行master 和salve 的查看,根据硬盘容量即可判定你是否设置正确;
2.如果你新加载的硬盘没有什么重要文件的话,建议你讲整个硬盘进行删除分区操作,然后设置为从盘,然后从你原来的盘安装好的系统进行启动,进入后在磁盘管理中对新加载的硬盘进行分区、分配盘符操作等。这样就不会扰乱你原来的盘符。而且即使你的盘符是乱的,在磁盘管理中也是可以改的。你程序运行不了的原因就是因为盘符的原因。比如有个程序快捷方式原来的路径是D:\1.exe,现在D盘变成了另一个盘,自然就找不到1.exe这个程序。